Wohl gerade wegen dieser Erfolge ist der FC Gelsenkirchen-Schalke 04 immer wieder einer besonderen Nähe zum Nationalsozialismus verdächtigt worden. Sowohl vom Verein als auch in Teilen der Öffentlichkeit wurde dagegen lange das Bild des unpolitischen Fußballclubs gepflegt, dessen Spieler auch im "Dritten Reich" eben nur und vor allem Sportler gewesen waren. Differenzierter wurde in jüngerer Zeit angenommen, dass die Schalker Fußballspieler von den nationalsozialistischen Machthabern instrumentalisiert oder vereinnahmt wurden, also versucht wurde, den sportlichen Erfolg zur Propagierung des NS-Regimes auszunutzen.
Im Rahmen der Aktivitäten zum Vereinsjubiläum 2004 entschloss sich der FC Schalke 04, eine Studie zur Erforschung der Vereinsgeschichte während der Zeit des Nationalsozialismus in Auftrag zu geben. Damit war der FC Gelsenkirchen-Schalke 04 der erste Bundesliga-Verein, der diese Phase der Vereinsentwicklung wissenschaftlich untersuchen ließ. Der Verein verpflichtete sich, die Forschungsergebnisse vollständig der Öffentlichkeit zugänglich zu machen. Das Ergebnis ist das Buch "Stefan Goch, Norbert Silberbach, Zwischen Blau und Weiß liegt Grau - Der FC Schalke 04 im Nationalsozialismus, Essen 2005".